A vegetação presente varia consoante a salinidade: encontramos plantas de sapal onde ela é elevada, passando a haver juncais, caniçais e prados húmidos à medida que ela diminui. Mais perto de Odemira, o Rio Mira é acompanhado por galerias ripícolas, compostos principalmente por salgueiros, freixos e choupos.
Subindo o rio, as suas margens apresentam-nos o zonamento característico de um sapal mediterrânico, com prados de morraça nas cotas mais baixas, seguidos de diversos matos rasteiros e juncais resistentes ao sal aos quais sucedem outros matos, as cotas mais altas, menos resistentes à água salgada. Perto das desembocaduras de algumas ribeiras, com maior influência de água doce, desenvolvem-se além dos caniçais, matagais de tamargueiras.